Распространение виноградарства по всему миру, привело к распространению болезней и вредителей вместе с посадочным материалом. Одним из таких организмов, наносящих огромный ущерб виноградарству мира, является филлоксера. Открытие возможности прививки сортов и клонов на различные сорта и гибриды, привела к развитию селекции форм подвоев, происходящих из Северной Америки. В настоящее время активное применение различных типов молекулярных маркеров для идентификации и изучения генетического разнообразия винограда позволяет более точно и эффективно проводить исследование биологических особенностей и генетики растений. Получая хорошую воспроизводимость результатов анализа и выявляя полиморфность между сортами и клонами при использовании разных типов маркеров, можно в дальнейшем использовать эти знания для селекции при подборе скрещиваемых пар. В представленной статье целью исследования стало изучение распространенных сортов и гибридов винограда американских видов, используемых в качестве подвоя. В данной работе представлено исследование пяти наиболее известных форм винограда, используемых в качестве подвоя: Kober 5BB и 420-A, Paulsen 1103, 101-14 и Richter 57. Выявление генетических связей и полиморфизма между образцами основывалось на использовании IRAP и iPBS праймеров. Нами были использованы тринадцать отобранных ДНК-маркеров, которые сгенерировали в общей сложности 308 полиморфных ДНК-бендов с 54,95 % полиморфизмом. Эффективность iPBS маркеров была сопоставима или даже более эффективна, чем маркёров на основе ретротранспозонов. В результате проведённых исследований, различия и общность между подвоями были четко продемонстрированы как кластерным анализом, так и анализом PCoA.