SSR-анализ некоторых сортов абрикоса (Prunus armeniaca L.) дагестанской эколого-географической подгруппы

Генетические исследования генофонда абрикоса обыкновенного различного географического происхождения способствуют накоплению сведений о путях распространения и истории возделывания данной культуры. Ценным материалом в подобных исследованиях выступает местная автохтонная геноплазма. К представителям автохтонного генофонда абрикоса обыкновенного можно отнести местные сорта Дагестана. Генетические исследования дагестанской геноплазмы позволят оценить её вклад в мировой генофонд абрикоса, а также определить её место среди сортов различного эколого-географического происхождения. Шесть SSR-маркеров, разработанных на абрикосе сибирском, были задействованы в генотипировании 12 сортов абрикоса обыкновенного. Значительная часть отобранных сортов была представлена местными дагестанскими формами. Использованные микросателлитные маркеры позволили разделить все отобранные для работы сорта как генотипы со специфичными SSR-профилями. Уровень полиморфизма, выраженный в количестве аллелей на локус, имел высокие значения, исходя из анализа ранее проведенных в мире исследований. В связи с этим можно заключить, что задействованные SSR-маркеры могут быть использованы в дальнейших работах, направленных на анализ генетического разнообразия исследуемой культуры. В ходе работы на основе данных, полученных при SSR-генотипировании, была проведена кластеризация сортов абрикоса обыкновенного с целью определения родственных групп сортов. В качестве способа, позволяющего осуществить кластерный анализ, был использован метод присоединения соседей (NJ). Кластеризация образцов, проведенная в работе, позволила выявить промежуточное положение дагестанских сортов относительно сортов различного эколого-географического происхождения. Для подтверждения полученных результатов дополнительно был использован метод главных координат PCoA, позволяющий на координатной плоскости отразить степень генетического родства образцов. Выявленные с помощью PCoA закономерности распределения образцов на графике координат в целом соответствовали данным кластеризации методом присоединения соседей (NJ). Проведенное исследование позволило оценить эффективность задействованных в работе SSR-маркеров для генотипирования сортов абрикоса обыкновенного и получить сведения о генетическом родстве местных дагестанских сортов с сортами из других эколого-географических групп.

1. Wunsch A. Cross-transferable polymorphic SSR loci in Prunus species, Scientia Horticulturae. 2009;120:348-352. DOI: 10.1016/j. scienta.2008.11.012.

2. Bourguiba H., Khadari B., Krichen L., Trifi-Farah N., Mamouni A., Trabelsi S., Audergon J.-M. Genetic relationships between local North African apricot (Prunus armeniaca L.) germplasm and recently introduced varieties, Scientia Horticulturae. 2013;152:61-69. https://doi.org/10.1016/j.scienta.2013.01.012

3. Khadivi-Khub A., Yarahmadi M., Jannatizadeh A., Ebrahimi A. Genetic relationships and diversity of common apricot (Prunus armeniaca L.) based on simple sequence repeat (SSR) markers, Biochemical Systematics and Ecology. 2015;61:366-371. https:// doi.org/10.1016/j.bse.2015.07.006

4. Yilmaz K.U., Paydas-Kargi S., Dogan Y., Kafkas S. Genetic diversity analysis based on ISSR, RAPD and SSR among Turkish Apricot Germplasms in Iran Caucasian eco-geographical group, Scientia Horticulturae. 2012;138:138-143. https://doi.org/10.1016/j. scienta.2012.02.017

5. Dettori M. T., Micali S., Giovinazzi J., Scalabrin S., Verde I., Cipriani G. Mining microsatellites in the peach genome: development of new long-core SSR markers for genetic analyses in five Prunus species, Springer Plus. 2015;4:337. DOI 10.1186/s40064-015-1098-0

6. Wang Z., Liua H., Liua J., Li Y., Wua R., Pang X. Mining new microsatellite markers for Siberian apricot (Prunus sibirica L.) from SSR-enriched genomic library, Scientia Horticulturae. 2014;166:65-69. https://doi.org/10.1016/j.scienta.2013.12.004

7. Hormaza J.I. Molecular characterization and similarity relationships among apricot (Prunus armeniaca L.) genotypes using simple sequence repeats, Theor. Appl. Genet. 2002;104:321-328. DOI: 10.1007/s001220100684

8. Sanchez-Pérez R., Ruiz D., Dicenta F., Egea J., Martinez-Gomez P. Application of simple sequence repeat (SSR) markers in apricot breeding: molecular characterization, protection, and genetic relationships, Sci. Hortic. 2005;103:305-315. https://doi.org/10.1016/j.scienta.2004.06.009