Preview

Садоводство и виноградарство

Расширенный поиск
Доступ открыт Открытый доступ  Доступ закрыт Только для подписчиков

Оценка применимости молекулярных методов диагностики возбудителя бактериоза винограда (болезнь Пирса) Xylella fastidiosa Wells et al., используемых в международной и отечественной практике

https://doi.org/10.31676/0235-2591-2022-1-38-43

Полный текст:

Аннотация

Возбудитель бактериоза винограда (болезнь Пирса) Xylella fastidiosa — карантинный объект, отсутствующий на территории стран-партнеров Евразийского Экономического Союза. Для проведения эффективной диагностики требуется гармонизация методов с международными и региональными диагностическими протоколами, следует также учитывать необходимость импортозамещения рекомендуемых реагентов. В ходе исследований, проведенных на базе ФГБУ ВНИИКР были оптимизированы 5 ПЦР-тестов с компонентами отечественного производства и определены их основные критерии эффективности согласно стандарту ЕОКЗР 7/098 (4). Дополнительно проведена валидация коммерческого набора «Фитоскрин» (ООО «Синтол», Россия). Результаты оценки применимости показали высокую чувствительность ПЦР-РВ в соответствии с Harper et al. (2010), Li et al. (2013), и Ouyang et al. (2013), которая составила 102 КОЕ/мл, высокую специфичность (не было обнаружено ложноположительных или неспецифичных реакций), а также 100 %-ную в опыте прецизионность в условиях повторяемости и промежуточную прецизионность. Данные тесты войдут в методические рекомендации по диагностике X. fastidiosa как отборочные. Также следует отметить повышение чувствительности ПЦР по Li et al. (2013), с реакционной смесью 5х MasCFЕ TaqMIX -2025 («Диалат Ltd.», Россия) по сравнению с данными, представленными в отчете TPS (2018). Кроме того, установлено, что ПЦР-РВ по Francis et al. (2006) и классическая ПЦР по Minsavage et al. (1994) имеют аналитическую чувствительность 100 % при концентрации целевого объекта 103 КОЕ/мл и 104 КОЕ/мл соответственно. Выявлена селективность всех ПЦР-РВ, кроме коммерческого набора «Фитоскрин» по отношению к экстракту лаванды, который характеризовался ингибированием амплификации.

Об авторах

С. И. Приходько
Всероссийский центр карантина растений (ВНИИКР)
Россия

Приходько С. И. — научный сотрудник, заведующий лабораторией бактериологии

ул. Пограничная, 32, п. Быково, Московская область, 140150



И. Н. Писарева
Всероссийский центр карантина растений (ВНИИКР)
Россия

Писарева И. Н. — научный сотрудник, лаборатория бактериологии

Быково, Московская область



К. П. Корнев
Всероссийский центр карантина растений (ВНИИКР)
Россия

Корнев К. П. — кандидат биологических наук, заместитель директора

Быково, Московская область



Список литературы

1. EPPO Global Database: Xylella fastidiosa, 2021 URL: https://gd.eppo.int/taxon/XYLEFA. Ссылка активна на 13.12.2021. Link is active on 12/13/2021

2. Saponari M., Boscia D., Altamura G., Loconsole G., et al. Isolation and pathogenicity of Xylella fastidiosa associated to the olive quick decline syndrome in southern Italy. Scientific reports. 2017;7:1-13.

3. Bragard C., Dehnen-Schmutz K., Di Serio F., Gonthier P., Jacques M.-A., Miret J. A. J., Justesen A. F. et al. Update of the Scientific Opinion on the risks to plant health posed by Xylella fastidiosa in the EU territory. EFSA Panel on Plant Health (PLH). 2019;17(5):1-200.

4. Sicard A., Zeilinger A. R., Vanhove M., Schartel T. E., Beal D. J., Matthew P. Daugherty, Rodrigo P. P. Almeida. Xylella fastidiosa: Insights into an Emerging Plant Pathogen. Annu. Rev. Phytopathol. 2018;56:9.1-9.22.

5. Strona G., Carstens C. J., Beck P. S. A. Network analysis reveals why Xylella fastidiosa will persist in Europe. Scientific Reports. 2017;7(71):1-8.

6. Marcelletti S., Scortichini M. Genome-wide comparison and taxonomic relatedness of multiple Xylella fastidiosa strains reveal the occurrence of three subspecies and a new Xylella species. Archives of microbiology. 2016;198(8):803-812. DOI: 10.1007/s00203-016-1245-1.

7. Crop Protection Compendium CABI, 2021. URL: https://www.cabi.org. Ссылка активна на 15.12.2021

8. Schneider K., Van der Werf W., Cendoya M., Mourits M., Navas-Cortés J. A., Vicent A., Lansink A. O. Impact of Xylella fastidiosa subspecies pauca in European olives. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2020;117(17):9250-9259.

9. Randall J. J., Goldberg N. P., Kemp J. D., Radionenko M., French J. M., Olsen M. W, Stephen F. Hanson S. F. Genetic Analysis of a Novel Xylella fastidiosa Subspecies Found in the Southwestern United States. Applied and Environmental Microbiology. 2009;75(17):5631-5638. DOI:10.1128/AEM.00609-09.

10. Nunney L., Schuenzel E. L., Scally M., Bromley R. E., Stouthamer R. Large-scale intersubspecific recombination in the plant-pathogenic bacterium Xylella fastidiosa is associated with the host shift to mulberry. Appl Environ Microbiol. 2014;80(10):3025-33. DOI: 10.1128/AEM.04112-13.

11. Bull C. T., De Boer S. H., Denny T. P., Firrao G., Fischer- Le Saux M., Saddler G. S., Scortichini M., Stead D. E., Takikawa Y. List of a new names of plant pathogenic bacteria (2008-2010). Journal of Plant Pathology. 2012;94(1):21-27.

12. Rapicavoli J., Ingel B., Blanco‐Ulate B., Cantu D., Roper C. (2018). Xylella fastidiosa: an examination of a re‐emerging plant pathogen. 2018;19(4):786-800. DOI: 10.1111/mpp.12585

13. EPPO Standard PM 7/024 (4) Xylella fastidiosa. Diagnostic protocol. OEPP/EPPO Bulletin. 2019;49(2):175-227. URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/epp.12588. Linc active on 03/03/2022

14. ISPM 27 Diagnostic protocols for regulated pests DP 25: Xylella fastidiosa. 2018, 1-32 р.

15. EPPO Standard 7/098 (4). Specific requirements for laboratories preparing accreditation for a plant pest diagnostic activity. Bulletin OEPP/EPPO Bulletin. 2019;49(3):530-563.

16. Писарева И. Н., Приходько С. И., Корнев К. П. Поиск оптимального метода выделения ДНК из образцов растений оливы европейской (Olea europaea L.), инфицированных Xylella fastidiosa Wells et al. Карантин растений. Наука и практика. 2019;4(30):30-33. Pisareva I. N., Prikhodko S. I., Kornev K. P. Search for the optimal method for DNA isolation from European olive (Olea europaea L.) plant samples infected with Xylella fastidiosa Wells et al. Karantin rasteniy. Nauka i praktika. 2019;4(30):30-33. (In Russ.)

17. Saponari M., Loconsole G. Report of Test Performance «Study Molecular detection of Xylella fastidiosa through quantitative real time assays», 2018. URL: https://upload.eppo.int/download/298ocd8b7f525


Рецензия

Для цитирования:


Приходько С.И., Писарева И.Н., Корнев К.П. Оценка применимости молекулярных методов диагностики возбудителя бактериоза винограда (болезнь Пирса) Xylella fastidiosa Wells et al., используемых в международной и отечественной практике. Садоводство и виноградарство. 2022;(1):38-43. https://doi.org/10.31676/0235-2591-2022-1-38-43

For citation:


Prikhodko S.I., Pisareva I.N., Kornev K.P. Detecting Xylella fastidiosa, a grape bacteriosis agent (Pierce disease) applicability evaluation of molecular methods used in international and domestic practice. Horticulture and viticulture. 2022;(1):38-43. (In Russ.) https://doi.org/10.31676/0235-2591-2022-1-38-43

Просмотров: 77


ISSN 0235-2591 (Print)
ISSN 2618-9003 (Online)